La vita di Altino, dopo secoli di silenzio, riprese verso il 1850 attorno alla villa padronale dei conti Bacchini, eredi dei Reali.
Qui si trova tuttora la chiesa costruita in quegli anni e di proprietà dei conti, la quale servì alla poca gente del posto fino al 1961, quando fu eretto il nuovo complesso di ispirazione romanica su progetto dell'arch. Forlati, sul sito che si ritiene fosse il centro dell'antica città di Altino.
La chiesa è collegata al museo tramite un porticato che si estende su tre lati e si apre a sud verso l'isola di Torcello.